بخش نخست ادامهٔ وقایع بلک اپس را دنبال می‌کند و بخش دوم در سال 2025 زمانی که سلاح‌های پیشرفته به وجود آمده‌است، رخ می‌دهد. بلک آپس 2. اولین بازی از مجموعه بازی‌های ندای وظیفه است که دارای تکنولوژی تسلیحاتی آینده بوده . و همچنین برای اولین بار در این مجموعه، داستان بازی به چندین شاخه تقسیم می‌شود که کاربر می‌تواند یکی از آن‌ها را انتخاب کند. و ادامه دهد. همچنین بازی دارای قابلیت نمایش سه بعدی است.

مبارزهٔ تک نفره دارای دو داستان بهم مرتبط است: اولین داستان در سال‌های دههٔ 1970 تا 1980 رخ می‌دهد و داستان دیگر در سال 2025. قهرمان بازی ‌های بلک آپس، “الکس میسون” بعنوان قهرمان داستان در بخش جنگ سرد مجدداً نقش آفرینی خواهد کرد. و در آنجا در جنگ‌های واسطه‌ای برای ایالات متحدهٔ امریکا در جنگ سرد می‌جنگد.

محل‌های مشخص برای این بخش از بازی عبارتند از: محل‌های متعددی در امریکای مرکزی. افغانستان در زمان تهاجم شوروی و آنگولا. در این بخش از بازی، همچنین شاهد ظهور رسوایی دشمن اولیهٔ بازی، “رائول منندز” خواهیم بود. رائول، یک نارکو-تروریست با اصلیت نیکاراگوئه و رهبر “کوردیس دای” است. کوردیس دای یک جنبش مردمی است که بعنوان قهرمانان قربانی‌های نابرابری اقتصادی گرامی داشته می‌شود.

دوست و همکار میسون با نام “فرانک وود” نیز بر می‌گردد و داستان را در قسمت مربوط به سال 2025 روایت می‌کند. در قسمت 2025 بازی، پسر الکس میسون با نام “دیوید”. در نقش اول بازی می‌کند. هنگامی که بورس سهام چین توسط یک حملهٔ سایبری فلج می‌شود. چین صادرات عناصر زمینی کمیاب را تحریم می‌کند که اینکار منجر به یک جنگ سرد جدید بین چین و امریکا می‌شود. در این برههٔ زمانی، جنگ بوسیلهٔ ربات‌ها، جنگ افزار سایبری، وسیله‌های بدون سرنشین و سایر تکنولوژی‌های آینده‌ای انجام می‌گیرد.