بازی دارای ویژگی جهان باز می باشد و می توانید برای انجام ماموریت های فرعی و اصلی به تمام نقاط شهر دسترسی داشته باشید. اتفاقات بازی در شهر نیویورک در جریان است. و شخصیت اصلی بازی Alex mercer برای انجام هر کاری آزادی عمل دارد. البته باید مواظب باشد که گیر پلیس نیافتد. کاراکتر اصلی بازی که حوادث ان را رقم میزند یک قهرمان واقعی است. که هیچ کس قدرت مقابله با او را ندارد. البته به جز مقامات عالی رتبه و فرماندهان Black Watch که شکست دادن آنها کار چندان آسانی نیست. و دارای قدرتی مشابه شما هستند.

حوادثی که در طول بازی به وقوع می پیوندد، باعث می شود تا Alex متوجه شود امریکا ویروس هایی تولید کرده است که سبب جهش ژنتیکی در موجودات بشر شده و باعث به وجود آمدن موجوداتی خطرناک در جامعه شده است که شهر را به میدان نبردی خونین تبدیل کرده است. مجموعه بازی های Prototype تا کنون در 2 نسخه منتشر شده است که هر دو دارای گیم پلی و گرافیک بسیار عالی بوده اند.

در بازی با کشتن فرماندهان Black Watch و غول های مختلف می توانید قدرت های اصلی خود را ارتقاء دهید. در بازی می توانید پرواز کنید، از ساختمان ها بالا بروید و جهش های بلندی را داشته باشید. در بازی ماموریت های فرعی را حتما انجام داده و با کسب امتیاز به افزایش قدرت خود کمک کنید.